MS-06Eは、MS-06FザクIIをベースに、前線深部での情報収集・敵情偵察・砲撃観測を目的として改修された偵察用モビルスーツである。
通常のザクIIが汎用戦闘を前提としているのに対し、本機は戦闘能力よりも索敵・通信・記録能力を重視している。頭部には大型カメラユニットや高倍率センサー、機体各部には光学・電波・熱源探知装置が追加され、敵部隊の展開状況、艦艇・基地施設の位置、砲兵陣地の座標などを取得する役割を担った。
「強行偵察型」と呼ばれるだけあり、完全な非武装偵察機ではない。敵地に深く侵入し、発見された場合でも自力で離脱できるよう、ザク・マシンガン、ヒートホーク、軽量火器などを装備可能。ただし装甲や火力を増すよりも、機動力と通信機能を優先しており、長時間戦闘には向かない。
外観上の特徴は、通常型ザクIIよりも情報収集装備が目立つ点にある。頭部モノアイ周辺のセンサー強化、ランドセル部の通信アンテナ、脚部・肩部への小型観測ポッドなど、戦闘機というより「歩く偵察車両」に近い性格を持つ。
一年戦争においては、前線のミノフスキー粒子散布下で通常通信やレーダーが制限されるため、こうした直接視認・近接偵察を行うMSの価値は高かった。MS-06Eは、派手な戦果を挙げる機体ではないが、後続部隊の進軍、砲撃支援、奇襲作戦を成立させるための「目」として機能した。
